咖啡的來源已無從稽考，有諸多傳說。相傳，今天的奧羅莫人的祖先被認為是首個認識到咖啡樹令人振奮的效果，雖然沒有直接的證據指出非洲咖啡的增長或是本地人會用它作為興奮劑，甚至早於 17 世紀已經知道；另一傳說，據說是一千多年以前，在 9 世紀的衣索比亞西南部的高原地區，一位牧羊人發現他的羊吃了一種植物的種子 ( 咖啡豆 ) 後，變得非常興奮活潑，繼而發現咖啡，但此事截至1671年並沒有得到記載，有可能是杜撰的；也有說法是當地發生過一場野火，燒焦了一片咖啡林，經過燒烤咖啡的香味引起周圍居民注意，人們最初咀嚼這種植物果實來提神，後來烘烤磨碎摻入麵粉做成麵包，作為勇士的食物，提高作戰的勇氣。不過這些傳說故事都缺乏歷史文件佐證，只出現於後世的旅遊傳記中。據說，最初經栽培的咖啡是源自衣索比亞的哈勒爾。
直到 11 世紀左右，人們才開始用水煮咖啡做為飲料。13 世紀時，衣索比亞軍隊入侵葉門，將咖啡帶到了阿拉伯世界。因為伊斯蘭教的清規禁止教徒飲酒，有的宗教界人士認為這種飲料刺激神經，違反教義，曾一度禁止並關閉咖啡店，但埃及蘇丹認為咖啡不違反教義，因而解禁，咖啡飲料迅速在阿拉伯地區流行開來。咖啡 Coffee 這個詞，就是來源於阿拉伯語 Qahwa，意思是「植物飲料」，後來傳到土耳其，成為歐洲語言中這個詞的來源。咖啡種植，製作的方法也被阿拉伯人不斷地改進而逐漸完善。
但在西元 15 世紀以前，咖啡長期被阿拉伯世界所壟斷，僅在回教國家間流傳；當時主要被使用在醫學和宗教上，回教醫生和僧侶們承認咖啡具有提神、醒腦、健胃、強身、止血等功效；15 世紀初開始有文獻記載咖啡的使用方式，並且在此時期融入宗教儀式中，同時也出現在民間做為日常飲品。因回教世界嚴禁飲酒，因此咖啡成為當時很重要的社交飲品。直到 16、17 世紀，透過威尼斯商人和海上霸權荷蘭人的買賣輾轉將咖啡傳入歐洲，很快地，這種充滿東方神秘色彩、口感馥郁香氣迷魅的黑色飲料受到貴族仕紳階級的爭相競逐，咖啡的身價也跟著水漲船高，甚至產生了「黑色金子」的稱號，當時的貴族流行在特殊日子互送咖啡豆以示盡情狂歡，或是給久未謀面的親友，有財入袋、祝賀順遂之意，同時也是身分地位象徵。而「黑色金子」在接下來風起雲湧的大航海時代，藉由海運的傳播，全世界都被納入了咖啡的生產和消費版圖中。
1570 年，土耳其軍隊圍攻維也納，失敗撤退時，有人在土耳其軍隊的營房中發現一口袋黑色的種子，誰也不知道是什麼東西。一個曾在土耳其生活過的波蘭人，拿走了這袋咖啡，在維也納開了第一家咖啡店。16 世紀末，咖啡以「伊斯蘭酒」的名義通過義大利開始大規模傳入歐洲。
相傳 1600 年時有些天主教宗教人士認為咖啡是「魔鬼飲料」，慫恿當時的教皇克萊門八世禁止這種飲料，但教皇品嚐後認為可以飲用，並祝福了咖啡，因此咖啡在歐洲逐步普及。
17 世紀咖啡的種植和生產一直為阿拉伯人所壟斷，在歐洲價格不菲，只有歐洲上層人物才能飲用咖啡。直到 1670 年，一位到麥加朝聖的印度信徒吞下七顆果實，然後將這些果實帶回了自己的家鄉種植，結束阿拉伯人壟斷咖啡市場的時代。1690 年，一位荷蘭船長航行到葉門，得到幾棵咖啡苗，開始在荷屬東印度（現在的印度尼西亞）種植成功。1727 年荷屬圭亞那的一位外交官的妻子，將幾粒咖啡種子送給一位駐巴西的西班牙人，他在巴西試種取得很好的效果。巴西的氣候非常適宜咖啡生長，從此咖啡在南美洲迅速蔓延。因大量生產而價格下降的咖啡開始成為歐洲人的重要飲料。
在東南亞有出自福建話「咖啡店」的「Kopitiam」一詞，馬來西亞、新加坡的「Kopitiam」始於 1900年代，是中國移民所創設。
咖啡在台灣的開始 : 在 1884 年時，已經有英國人從馬尼拉帶入咖啡，並嘗試在今三峽一地種植。其後，在冷水坑、汐止等地也開始有咖啡的栽培。到了日本時期，殖產局也進一步在恆春熱帶植物殖育場等地栽培咖啡。到了 1917 年，又在嘉義的試驗場種植。接著士林園藝試驗支所也開始種植。在印尼的華僑在 1960 年代就每天喝咖啡。
而中國大陸最早的咖啡種植則始於雲南，是在20 世紀初，一個法國傳教士將第一批咖啡苗帶到雲南的賓川縣。此外，咖啡作為舶來品在上海開埠後在上海租界也開始興起。不少愛趕時髦的上海人也開始去嘗試，可一開始並不習慣咖啡的苦味，並稱咖啡的味道為「沒想到像咳嗽藥水一樣難喝」。不過，慢慢地隨著西餐在上海灘的普及，咖啡也逐漸為大多數人所接受。民初鴛蝴派大家周瘦鵑《生查子》詞中有「更啜苦加非，絕似相思味」，把咖啡與相思、悲苦、離愁等中國文學傳統聯繫在一起了。20 世紀 20 至 40 年代上海南京路、霞飛路、北四川路、亞爾培路等路上曾擁有大量各具特色的咖啡館。1947 年，國共內戰時的中國人民解放軍在擊敗國民黨軍部隊時,繳獲一批軍官物資，其中就有咖啡 ( 咖啡豆粉而非即溶咖啡 ) ，當時鄧小平、李達等中原野戰軍指揮官就有嘗過其滋味；之後從 90 年代末開始咖啡文化在大陸地區重新興起目前已有不少咖啡館興起，年輕人已普遍接受咖啡飲品，且飲用咖啡的處所也多元化及個別特色，包括餐廳、咖啡館、點心、蛋糕烘焙店等等。香港引入咖啡的時間是否較早需要考證。